特色小镇建设的初心与使命，是以发展特色产业为核心，兼顾发展特色文化、特色建筑、特色环境，打造形成经济发展的新型平台。但在发展中，有些地区直接将行政区划概念上的行政建制镇命名为特色小镇，让特色小镇与特色小城镇有所混淆，违背了经济发展和城镇化建设规律。

国家发改委规划司城乡融合发展处处长 刘春雨：如果把特色小城镇当成了特色小镇去发展的话，有可能会错误引导各类要素、政府资金和社会资本流入到远离市区的小城镇。这样有可能会带来比较大的资金浪费，会建设一大批低效的基础设施。

2017年国家发改委、住建部等部门共同出台了《关于规范推进特色小镇和特色小城建建设的若干意见》，并在最新一批公布的名单中对行政建制镇形式的特色小镇进行了淘汰整改。